Naast het bestuur bestaat de organisatorische structuur van De Blauwe Schuit uit commissies. Er zijn verschillende commissies voor verschillende taken en activiteiten. Iedereen kan lid worden van deze commissies, en het zorgt voor het goed leren kennen van andere leden binnen de vereniging. Hieronder staan alle commissies die bij de De Blauwe Schuit te vinden zijn:
Elk jaar verschijnt rond oktober binnen De Blauwe Schuit een felbegeerd boekwerk: de Almanak. Ieder jaar een ander thema met een vernieuwde inhoud en alles wat je over de schuit moet weten. Onder andere de schuitliederen, zusterverenigingen, alle commissies, huizen, disputen en het smoelenboek van alle schuiters met adressen en telefoonnummers. Zonder een almanak is het lidmaatschap van de schuiter niet compleet!
De BrIC is een van de commissies die ervoor zorgt dat er daadwerkelijk gezeild wordt op onze vereniging. Wij organiseren verspreid over het jaar zeildagen en zeilkampen, zowel voor de zomerzeilers als voor de bikkels die ook in de winter het water op willen gaan. Aan onze activiteiten kun je met elk zeilniveau en elk boottype meedoen, of je nu je laatste manoeuvres wil perfectioneren of juist voor het eerst een nieuw boottype wil uitproberen. Kortom: voor elk wat wils, dus eigenlijk is er geen goed excuus om nooit het water op te gaan ;)
De Cookie is de commissie die altijd zorgt voor het eten voor de borrel op dinsdag. Heb je geen zin om zelf te koken of ben je zo uitgehongerd na een vergadering van een van de commissie van de schuit en kun je niks meer voordat je krachtvoer hebt binnen gekregen? Dan staat de Cookie altijd voor je klaar. Afwisselend wordt er door de leden gekookt, waardoor het altijd weer een aangename verassing is wat de pot schaft.
De EeCo is de EerstejaarsCommissie, waar je samen met je jaargenoten in zit. De EeCo is de commissie door eerstejaars voor eerstejaars. Ze organiseren activiteiten waarbij ze hun jaargenoten goed leren kennen. Het zijn activiteiten zoals spelletjes- en filmavonden, strandwandelingen en picknicks, waarbij ook ouderejaars aanwezig kunnen zijn. Op deze manier wordt er kennis gemaakt met skills voor commissiewerk die goed gebruikt kunnen worden in de volgende jaren binnen De Schuit.
Bij het instructeurssysteem bij De Blauwe Schuit is het zo dat instructeurs de Schuiters tot nieuwe instructeurs opleiden. Zodra een Schuiter het door velen verlangde niveau van dubbel A gehaald heeft, kan hij zijn brevetexamen aanvragen bij de ExCie. Een lid van de ExCie zal dan een keer mee gaan zeilen om te kijken of deze Schuiter zijn brevet waardig is. Als deze gelukkige geslaagd is, zal dit gevierd worden met een rondje berenburg, een doop en je brevet, voor de zwaardboot of voor de kielboot. Daarnaast geeft de ExCie in de winter, wanneer er niet gezeild kan worden, theorielessen. Op maandagavonden geven ze een aantal keer een cursus over de zeilregels zoals die over het algemeen en bij De Blauwe Schuit gelden. Je kunt bij de ExCie je valk-, je eenmanszwaardboot-, je tweemanszwaardboot-, je kajuitboot- en je buitenboordmotorbrevet halen. 
De FriesCie is een vrij jonge commissie die als doel heeft de Frieslandvakanties weer nieuw leven in te blazen. Lijkt het jou leuk om een week door Friesland te zeilen in een valk als vervoermiddel, slaapplaats en plek om te chillen, kom dan vooral mee deze zomer! Wij regelen alle logistiek, vervolgens is het aan jullie om er een gezellige, geslaagde week van te maken op al het mooie vaarwater dat Friesland te bieden heeft.
De KampCo organiseert het zeilkamp die plaats vindt na de El Cid week voor de nieuwe eerstejaars. Hoewel het kamp vaak het begin van een nieuw schuitjaar betekenen, is het ook meteen één van de hoogtepunten van het jaar. Een week zeilen, borrelen, feesten en nieuwe mensen leren kennen en vaak is het ook nog heerlijk weer. De KampCo is een kleine en gezellige commissie die een invulling van het programma bedenkt.
Het belangrijkste aspect van de vereniging, namelijk het zeilen, gebeurt niet zomaar. Boten kunnen niet alleen maar in het water liggen om uit zeilen te nemen. Om te zorgen dat de boten niet helemaal wegrotten zonder onderhoud (en wanneer er weer een schade is gevaren), is er de KlusCie. De KlusCie zorgt er samen met de Materiaalbaas onder andere voor dat elk jaar de boten uit het water gehaald worden, de polyester delen schoongemaakt worden, de houten delen geschuurd en weer gelakt worden en eventuele reparaties uitgevoerd worden. Het is niet erg als je niks van klussen afweet of twee linkerhanden hebt, bij de KlusCie kun je alles leren, want kennisoverdracht is immers géén illusie! Naast leerzaam, is het klussen ook altijd erg gezellig. Lekker met z’n allen in de loods met de radio op en veel koffie en speculaas, dan is de KlusCie op z’n productiefst.
Net zoals elke zichzelf respecterende vereniging heeft ook De Blauwe Schuit zijn eigen verenigingsblad, genaamd "Het Steigerblad". De commissie die ervoor zorgt dat dit blad minimaal vier keer per jaar uitkomt, heet de Redactie. De redactie zorgt ervoor dat alle bestuursmededelingen op tijd aankomen bij de leden, dat alle nieuwtjes en quotes op papier gezet worden en in het Steigerblad komen. De redactie zorgt ervoor dat alles binnen De Blauwe Schuit bekend wordt bij de leden, dus ook als er iets fout gaat. Omdat de redactie als ALV commissie geen verantwoording schuldig is aan het bestuur, kan deze commissie, indien nodig, ook ongecensureerd melding maken van onjuistheden binnen de vereniging.
De TweakCie is de commissie die de website van De Blauwe Schuit onderhoudt. Zij zorgen ervoor dat telkens juiste en actuele informatie te vinden is op de website: www.blauweschuit.com. De TweakCie komt vooral bijeen in een aantal avonden tijdens het winterseizoen, wanneer er niet te zeilen valt, om de site van de nodige updates te voorzien. Verstand hebben van websites is geen must, er zijn genoeg taken van niet technische aard. Ook worden er regelmatig LAN-parties georganiseerd, voor iedere Schuiter die van gamen houdt.
Naast het zeilen zijn er bij De Blauwe Schuit ook nog allerlei activiteiten die helemaal niks met het water te maken hebben. De WRAK organiseert de feesten op de schuit zoals het Blauwe Feest, het loodsfeest en het gala. Kroegentochten zijn ook niet geheel onbekend voor deze commissie en ze zorgen ervoor dat we per boot langs de kroegen kunnen gaan. En natuurlijk is er ieder jaar een kerstdiner!